Mục tiêu của Hiệp hội là tập hợp, đoàn kết hội viên, hỗ trợ nhau hoạt động có hiệu quả, giúp nhau nâng cao giá trị, chất lượng, khả năng cạnh tranh của các sản phẩm thủy sản Việt Nam, bảo vệ quyền, lợi ích chính đáng, hợp pháp của hội viên, phát triển tạo nguồn nguyên liệu cho chế biến thủy sản, góp phần vào việc phát triển kinh tế - xã hội của đất nước [2].